Sistem pendidikan terpadu yang diusung oleh PPRUW meliputi:
1. Terintegrasinya pendidikan sekolah konvensional dengan pendidikan pesantren. Dalam hal ini PPRUW relatif berhasil memadukan antara sistem pendidikan sekolah konvesional dengan sistem pendidikan pesantren sehingga menghasilkan konsep terpadu yang mengakomodasi beberapa kekurangan yang dimiliki oleh setiap sistem pendidikan.
2. Terintegrasinya pengelolaan pendidikan antara sekolah dengan pesantren. Beberapa lembaga pendidikan mengelola baik itu unit pendidikan pesantren dan unit pendidikan sekolah. Namun mayoritas dari lembaga tersebut mengelolanya dengan terpisah. Tidak seperti lembaga pendidikan tersebut- yang memisahkan pengelolaan antara sekolah dan pesantren- PPRUW mengintegrasikan pengelolalan pendidikan tersebut dalam satu atap sehingga tidak menganaktirikan salah unsur dari kedua sistem yang diintegrasikan tersebut.
3. Terintegrasinya pendidikan ilmu umum dan agama. Beberapa sekolah disinyalir menganaktirikan pendidikan agama bagi peserta didiknya begitupun dengan beberapa pesantren yang tampaknya alergi dengan pendidikan ilmu-ilmu umum. Dalam hal ini, PPRUW menyinergikan pendidikan kedua disiplin ilmu tersebut sehingga menghasilkan output berupa ulama yang intelek dan intelek yang ulama.
4. Integrasi pendidikan akhlak, intelektual dan fisik. Pendidikan keterpaduan berusaha menyentuh ranah afektif, kognitif dan psikomotorik peserta didik dalam seluruh kegiatan yang dilaksanakan oleh lembaga. Hal ini berarti bahwa pendidikan ketiga ranah tersebut tidak hanya tersekat di dalam kelas saja.
5. Integrasi pendidikan modern dan tradisional. Beberapa lembaga pendidikan pesantren menggunakan sistem pendidikan yang tradisional dan sudah usang dengan dasar menjaga tradisi. Sebaliknya beberapa lembaga meningglkan secara ekstrem tradisi-tradisi pendidikan yang sudah melekat dan menggunakan sistem dan cara baru dalam mengelola pendidikan. Dalam hal ini PPRUW memegang prinsip almuhafadzoh 'ala qodimis sholih wal akhdu bilhadidi ashlah [menjaga tradisi yang baik dan mengambil hal baru yang lebih baik]. Dalam artian, tradisi yang baik tidak dihilangkan seutuhnya, namum ketika ada hal baru yang lebih baik diakomodir sebagai proses inovasi.
6. Integrasi warga belajar dengan masyarakat. Warga belajar dan warga masyarakat bahu membahu untuk membangun kondisi sosial/lingkungan yang kondusif bagi proses pembelajaran. Artinya, masyarakat ikut membantu pihak pondok pesantren untuk membagun kondisi sosial yang kondusif bagi seluruh warga belajar dalam menuntut ilmu.
7. Perpaduan unik antara pendidikan moral, pendidikan keilmuan dan pendidikan kewirausahaan. PPRUW meyakini bahwa ketiga unsur di atas sangat penting untuk mendapatkan kebahagiaan dunia dan akhirat.
8. Keterpaduan pendidikan dan pengajaran.
Pengajaran hanya terbatas pada transfer ilmu oleh guru dan murid yang berada di dalam sekat kelas. Sedangkan pendidikan scopenya lebih luas dan mencakup apa yang didengar, dilihat dan dirasakan peserta didik.
Pengajaran hanya terbatas pada transfer ilmu oleh guru dan murid yang berada di dalam sekat kelas. Sedangkan pendidikan scopenya lebih luas dan mencakup apa yang didengar, dilihat dan dirasakan peserta didik.
Dalam hal ini PPRUW mencoba mempeluas bidang pendidikannya bukan hanya di dalam sekat kelas tapi dalam seluruh kehidupan total santri selama 24 jam.
Muatan kurikulum terbagi atas tiga komponen:
Komponen Pesantren Salaf meliputi: Tauhid (tijan, sanusi, jauhar tauhid), Fiqih (safinah, fathul qorib, fathul mu’in), Hadits (hadits arbai’n, riyadus sholihin, mukhtar al-hadits), Nahwu (jurumiyah, imriti, alfiyah), Sharaf (kaelani, tasrifan), Tafsir (al-ahkam, jalalain), Akhlak (akhlakul banin, ta’limu al-muta’alim, sulamutaufik).
Komponen Pesantren Modern meliputi: Tamrin lugoh, Muthola’ah, Insya, Mahfudzat, Balagoh, Imla, Khat, Faraidl, Tarbiyah, Ushul Fiqh, dan Reading.
KTSP Depdiknas meliputi: PPKn, Matematika, IPA [Fisika, Kimia, Biologi], IPS [Sejarah, Ekonomi/Akutansi, Geografi, Sosiologi, Ekonomi Syariah], bahasa Indonesia, bahasa Inggris, TIK, Penjas, dan Seni budaya.
Ketiga komponen tersebut dipadukan sehingga menjadi satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan satu sama lain. Adapun jumlah jam belajar perminggu adalah 46 jam
KAJIAN KITAB SALAFIYAH
1.Tauhid(tijan, sanusi, jauhar tauhid)
2.Fiqih(safinah, fathul qorib, fathul mu'in)
3.Hadits(hadits arbai'n, riyadus sholihin, mukhtar al-hadits)
4.Nahwu(jurumiyah, imriti, alfiyah)
5.Sharaf(kaelani, tasrifan)
6.Tafsir(al-ahkam, jalalain)
7.Akhlak(akhlakul banin, ta'limu al-muta'alim, sulamutaufik)
KAJIAN BAHASA
B.ARAB :
1.Tamrin lugoh
2.Muthola'ah
3.Insya
4.Mahfudzat
5.Balagoh
6.Imla
7.Khat
B.INNGRIS
1.Reading
2.Grammar
3.Translation
4.Conversation
5.Writing
KAJIAN PELAJARAN UMUM
1.PPkn
2.Matematika
3.IPA
4.IPS
5.B.Indonesia
6.B.Inngris
7.TIK
8.Ekonomi syariah
9.Penjas
10.Seni budaya
1.Tauhid(tijan, sanusi, jauhar tauhid)
2.Fiqih(safinah, fathul qorib, fathul mu'in)
3.Hadits(hadits arbai'n, riyadus sholihin, mukhtar al-hadits)
4.Nahwu(jurumiyah, imriti, alfiyah)
5.Sharaf(kaelani, tasrifan)
6.Tafsir(al-ahkam, jalalain)
7.Akhlak(akhlakul banin, ta'limu al-muta'alim, sulamutaufik)
KAJIAN BAHASA
B.ARAB :
1.Tamrin lugoh
2.Muthola'ah
3.Insya
4.Mahfudzat
5.Balagoh
6.Imla
7.Khat
B.INNGRIS
1.Reading
2.Grammar
3.Translation
4.Conversation
5.Writing
KAJIAN PELAJARAN UMUM
1.PPkn
2.Matematika
3.IPA
4.IPS
5.B.Indonesia
6.B.Inngris
7.TIK
8.Ekonomi syariah
9.Penjas
10.Seni budaya